Σοβαρές διαστάσεις λαμβάνει στην Λέσβο η διαχείριση των ζώων που θανατώνονται λόγω του αφθώδους πυρετού, με καταγγελίες να κάνουν λόγο για μαζικές ταφές χωρίς την απαιτούμενη υγειονομική προστασία. Οι εικόνες μεταφοράς μολυσμένων ζώων με ανοιχτά οχήματα και χωρίς επαρκή μέτρα βιοασφάλειας εντείνουν τις ανησυχίες για κινδύνους τόσο στη δημόσια υγεία, όσο και στο περιβάλλον, ενώ οι κτηνοτρόφοι του νησιού συνεχίζουν να λειτουργούν υπό αυστηρούς περιορισμούς.
Παρά το γεγονός ότι τα κρούσματα της νόσου έχουν εμφανιστεί στο νησί εδώ και περίπου δύο μήνες, οι αρμόδιες υπηρεσίες φαίνεται να βρίσκονται αντιμέτωπες με σοβαρές διοικητικές και επιχειρησιακές δυσκολίες. Αν και αρχικά είχε δοθεί έγκριση από την Αποκεντρωμένη Διοίκηση για τη δημιουργία χώρου υγειονομικής ταφής κοντά στον ΧΥΤΑ, στη συνέχεια δεν προχώρησε η χρήση της συγκεκριμένης τοποθεσίας.
Σε μια προσπάθεια εξεύρεσης λύσης, πραγματοποιήθηκαν συσκέψεις μεταξύ της Περιφέρειας Βορείου Αιγαίου, των τοπικών φορέων και του υπουργείου Αγροτικής Ανάπτυξης, με τελική απόφαση την καύση των θανατωμένων ζώων σε ειδικό κλίβανο που λειτουργεί σε μεγάλο σφαγείο της Λέσβου.
Παρά ταύτα, η συγκεκριμένη επιλογή δε φαίνεται να επαρκεί, καθώς οι δυνατότητες του κλιβάνου είναι περιορισμένες σε σχέση με τον αυξημένο αριθμό ζώων που θανατώνονται καθημερινά στο πλαίσιο των μέτρων αντιμετώπισης της επιζωοτίας. Ως συνέπεια, συνεχίζονται οι πρόχειρες ταφές χωρίς επαρκή υγειονομική κάλυψη και, έτσι, κάτοικοι του νησιού κατέγραψαν εικόνες από την ταφή μεγάλου αριθμού ζώων στο Σκαλοχώρι. Στο σημείο των ταφών έχουν ήδη εμφανιστεί υγρά αποσύνθεσης, ενώ η δυσοσμία στην περιοχή είναι έντονη.